Document Object Model

> Возможно ли добраться до этой переменной из другого окна или ее область видимости ограничивается ее окном.

Глобальные переменные видны как свойства объекта window. window.myGlobal / window["myGlobal"]

Если на нужное окно есть ссылка (например, opener) то можно получить ссылку и на глобаль.

> 2. Возможно ли сделать СТАНДАРТНОЕ окно всегда сверху.

В нетскейпе четвертом и только привилегированным скриптом по-моему.