Общие вопросы

> Это дает возможность пользователю когда второй фрейм еще не загрузился выбирать другие линки, и начинается неразбериха...

Неразбериха? Ну, не хочеться пользователю ждать или больше хочеться посмотреть другие ссылки... зачем отнимать "законное" право смотреть то, что хочеться?

Но если страницу посещают люди, которые готовы этим мириться, то можеш просто сделать флажок:
var areAllLinksActive = true;

потом у каждой ссылки прописать вызов функции:
onClick="return linkIsClicked();"

и потом написать простенькую функцию:
function linkIsClicked() {
if (areLinksActive) {
areLinksActive = false;
return true;
} else return false;
}

(уверен, что функцию можно написать более изъящно, но нет времени думать, сорри)

Да, и наконец нужно не забыть поменять флажок areLinksActive на true при загрузке второго фрейма ;-)