Общие вопросы

> Когда случается, что пользователь кликает на какой-то ссылке на странице N но эта ссылка (N+1) не работает, и он попадает на N+2, которой собственно является 404 страница, в которую встроен скрипт, который отправляет мне линк (тот самый, мертвый), который искал пользователь.

Если сервер правильно подает ErrorDocument 404, то никакой N+2 нет!
Настрой сервер.