Общие вопросы

> Да, я не точно описал. Весь верхний слой занимает таблица, соответственно тоже прозрачная, вот через неё то событие не передаётся.

Действительно не работает. Попробовать можно вот что:
а) сделать onClick на таблицу и перенаправить на ссылку;
б) вычислить положение ссылки (см. статьи на сайте) и создать небольшой слойчик, при щелчке на который будет работать ссылка;
в) перенести ссылку на слой выше или переносить по событию onMouseOver...