Общие вопросы

> Раз нельзя поменять value у <input type="file"> из скрипта...
Почему нельзя? Почему это так критично?
> Можно ли из JavaScript отправить скрипту на сервере файл и еще пару параметров НЕ ИСПОЛЬЗУЯ <form>,<input type="file"> и т.д.?
А как вы себе это представляете? JavaScript же должен знать, что это за файл и где он лежит. Можно сделать с помощью СGI.pm или ActiveX.