Общие вопросы

На самом деле, скрипты, в которых нет загрузки файла, не подвержены этой атаке. Внимательней читайте доки. Неважно, какой это сервер, дыра работает везде.

> 3.) Никакие манипуляции внутри php скрипта не помогут, единственное что можно сделать не ставя патчей, это в php.ini поставить "file_uploads=OFF"

Можно скачать новую версию PHP - выше 4.1.1