Общие вопросы

> На странице есть <iframe id="my_id">, в который я подгружаю данные в зависимости от выбора пользователя. Т.е. document.getElementById("my_id").src = и т.д...
>
> ...
>
> document.getElementById("my_id").innerHTML говорит, что "undefined"...

document.getElementById("my_id").document.body.innerHTML

если нужно просто подгружать внешние файлы, можеш воспользоваться древним скриптом, которого обновил, чтобы работал в новых браузерах (Mozilla/NN6+):

http://leechy.design.ru/external/