Общие вопросы

> Как может html-код по-разному просматриваться в одной и той же версии броузера, будь то IE, NN, Opera, Mozilla?
Все зависит от кривизны рук разработчиков.

> Где искать ту самую "порытую собаку"? В JavaScript, в самой операционке, или может DOCTYPE виноват? А может еще что-то?
Скорее, в коде. Не ДНК, я не шучу. Скорее всего, неправильно прописаны пути к CSS и JS - довольно распространенная ошибка среди JS кодеров.