Общие вопросы

> Суть: слой с подменю вызывается кликом и висит до тех пор, пока не кликнешь просто по документу в любом месте. Вроде бы получается как и задумывалось. Но я хочу отменить действие клика в документе. То есть если кликаю по ссылке, то подменю убирается, а переход не осуществляется.

То, что ты задумал, т.е. отменить действие ссылок неправильно в корне!

Нужно обработать onclick и после евентуального скрытия меню ПЕРЕДАВАТЬ событие дальше, чтобы ссылки СРАБОТАЛИ:

function hideMenu() {
// скрываем меню
return true;
}

document.onclick = hideMenu;